Son múltiples las propuestas hechas por la Fundación Paz y Reconciliación relativas a las reformas políticas que podría tener el país una vez finalice el proceso de paz.
Dentro de las propuestas de la Fundación se encuentra la designación al grupo armado de 9 curules directos al Senado –ello derivado de la designación de 9 curules que tuvo la UP en los años 80-; y una designación atípica para la Cámara con vigencia de mínimo tres periodos legislativos (2017-2021, 2021-2025, 2025-2029). Si bien la designación para la Cámara no es directa, se propone que sea por circunscripciones especiales en 17 municipios del país y después coincidan con las elecciones normales.
Dentro de las propuestas de la ONG, también se expuso acabar con el Consejo Nacional Electoral y crear un Colegio Electoral Colombiano con presupuesto y funcionarios propios y con sedes regionales. Crear además un Tribunal Electoral, junto con una unidad especializada que haga seguimiento a las financiaciones de campañas políticas.
Las propuestas de la Fundación Paz y Reconciliación persiguen disminuir el fraude electoral. A su vez resaltó que con las propuestas se busca permitir el tránsito de un movimiento guerrillero a un movimiento politico
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